スイスの首都・ベルン近郊のミュンヘンブーフゼーに生まれる。
父は音楽教師、母も音楽学校で声楽を学ぶという音楽一家であった。
自身もヴァイオリンに親しみ、11歳でベルンのオーケストラに籍を置くなど、その腕はプロ級であった。
彼の音楽に対する深い理解はバッハやモーツァルトらの古典音楽からストラヴィンスキーやヒンデミットら現代音楽にまで幅広く及び、作品の画題にはポリフォニーやフーガといった音楽用語が用いられているものもある1914 年のチュニジア旅行を転機として、色彩と線を純粋に運動と浸透の感覚をもって組織する術を体得する。
クレー独特な豊かな色彩の作品を築き上げた。
彼の美術理論はバウハウスで講義されたが、その講義内容やエッセイをまとめた本『パウル・クレー・ノートブック』、『造形とデザイン理論』は近代美術における重要な美術理論書の１つである。